Theo Điều 9 Thông tư 32/2011/TT-BTC, việc xử lý hóa đơn điện tử đã lập được quy định cụ thể như sau:

• Trường hợp hóa đơn điện tử đã lập và gửi cho người mua nhưng chưa giao hàng, cung ứng dịch vụ hay trường hợp hóa đơn điện tử đã lập và gửi cho người mua, người bán và người mua chưa kê khai thuế: Nếu phát hiện sai sót thì hóa đơn đó chỉ được hủy khi có sự đồng ý và xác nhận của người bán và người mua. Hóa đơn điện tử đã hủy phải được lưu trữ phục vụ việc tra cứu của cơ quan nhà nước có thẩm quyền.
• Trường hợp hóa đơn đã lập và gửi cho người mua, đã giao hàng hóa,...